Franziskaner-Minoriten kamen erstmals 1232 und vermutlich aus Hildesheim nach Paderborn. Sie ließen sich am Kamp nieder, wo sie Klostergebäude und eine Kirche errichteten. In der zweiten Hälfte des 16. Jh. ging der Orden ein, doch 1658 kehrten die Franziskaner nach Paderborn zurück. Der Bürger Georg Rickwin stellte ihnen ein Haus mit Hof und Garten in der Westernstraße zur Verfügung.
Ferdinand II. von Fürstenberg (Fürstbischof 1661-1683) förderte den Orden aus seinem Privatvermögen und erwirkte beim Papst einen Schutzbrief. Damit konnte 1663 der Bau eines Klosters beginnen, das 1668-1671 durch eine dem hl. Josef geweihte Kirche im barocken Stil nach römischem Vorbild (Architekt: Antonio Petrini aus Trient) als Saalbau auf einem hohen Sockelgeschoss mit doppelläufiger, zur Westernstraße vorgelagerten Treppenanlage vollendet wurde.
1788 bis 1825 leiteten die Franziskaner die Normalschule am Kamp, an der Lehreramtskandidaten für Volksschulen ausgebildet wurden. Als die übrigen zehn Männerklöster der Stadt während der Säkularisierung aufgehoben wurden, sicherte dies dem Franziskanerkloster seinen Erhalt. Während des Kulturkampfes (1871-1887) musste es 1875 bis 1887 schließen. Mehrfach (zuletzt 1908-1969) war das Kloster Studienhaus des Ordens.
Beim großen Bombenangriff vom 27. März 1945 wurde das Franziskanerkloster zerstört. Der barocke Hochaltar und das zum Grabmal des Stifters Ferdinand von Fürstenberg gehörende Epitaph gingen verloren. 1949/50 entstand der nachkriegszeitbedingt einfach gehaltene Klosterneubau, der zum Teil erheblich von den Vorgängeranlagen abwich. Auch die Innenausstattung der bereits 1946-1948 wiederhergestellten Kirche blieb schlicht.
1985 wurde die die Franziskanerkirche renoviert, wobei die Gewölbe eine Ausmalung im französischen Régencestil (ca. 1710-1730) erhielten. aber Chorraum und Innenbemalung blieben unberührt. 2005/06 wurde die Kirche umgebaut, 2008 die Fassade saniert. 2011 gestaltete der aus dem baden-württembergischen Rottweil stammende Künstler Tobias Kammerer den Kirchenraum mit Anklängen an historische Vorbilder, aber ansonsten modern neu.
Vor dem Klostergebäude und links neben dem Treppenaufgang zur Kirche steht einer der Kümpe, die einst aus mit Frisch- und Löschwasser gespeist wurden. Dieser stand von 1626 bis 1814 vor dem Kapuzinerkloster (heute Collegium Liborianum), wurde 1828 an seinen neuen Platz versetzt, zum Springbrunnen umgebaut, die Wandung 1924 durch eine Gedenkinschrift für das Infanterieregiment 158 ergänzt.
